机动车驾驶员在丁字路口闯红灯，会被扣除六分的相应惩罚。
闯红灯这一违规行为，是对道路交通信号灯通行法规的严重背离，依照国家《道路交通安全违法行为处理程序规定》中的明确界定，一旦发现机动车驾驶员在交叉路口有违反道路交通信号灯通行的行为，将会一次性累计扣除六份积分。
因此，无论是丁字路口直行还是左转闯红灯，都将面临同样的处罚。
机动车驾驶员如若同时犯有直行及左转闯红灯的双重错误，则需要面临扣除六分的严厉处罚。

《道路交通安全法》第四十四条
机动车通过交叉路口，应当按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通过；通过没有交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察指挥的交叉路口时，应当减速慢行，并让行人和优先通行的车辆先行。