电瓶车闯红灯罚款50元不交的，可以扣留其非机动车。
1、根据规定，行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款；
2、非机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。

《中华人民共和国道路交通安全法》第八十九条
行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款；
非机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。
第一百零八条
当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。
对行人、乘车人和非机动车驾驶人的罚款，当事人无异议的，可以当场予以收缴罚款。
罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；
不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。