若在合同中所签署的借条被认定为无效，按照我国现行的《中华人民共和国民法典》中的相关强制性规范，即第一百五十六条之规定表明，民事法律行为虽存在部分上的无效情况，然而其并不足以左右其余部分的效力，所以在这种假设下，即便借款协议不具有效性，合同中剩余的条款仍将保持其原有的法律效力。
再者，按照第一百五十七条的规则来看，当民事法律行为面对无效、撤销或确定无疑地不产生效力的情况时，行为人因该行为而获取的任何财产，均应予以归还；
若无法进行归还或者归还并无实际意义，则应当以货币形式进行补偿。
若其中一方当事人存在过失，那么他/她就必须对另一方因为此种行为所遭受的损失负责赔偿；
倘若双方皆有过失，那么他们就应该各自承担起自己的那份责任。
因此，若在合同中所签署的借条被判定为无效，我们便需依据上述的法律规定来处理财产的返还及赔偿事宜。
若借条的无效性导致了合同中其他部分的履行也变得困难重重，那么我们可能需要进一步深入研究合同中的其他条款是否依然具有法律效力，以及是否需要采取其他的补救措施。

《中华人民共和国民法典》第一百五十六条
民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。