在处理此类问题时，我们需要明确遵循以下原则：
补充协议具有优先效力。
这种情况下，当补充合同中的约定内容与主合同中的相关规定产生冲突时，应当将时间更为晚近的那份协议作为主要执行依据。
因此，从严格意义上说，补充合同的法律效力高于主体合同，这也是补充合同被视为更妥善的合同形式的重要原因之一。
然而，请注意，此时的后发约定条款并非对原有条款的简单修改，而是在主合同基础之上对原有的契约精神进行了深度挖掘和完善，从而形成了补充合同的核心价值所在。
如果仍然坚持按照主合同的原始条款来执行，那么补充合同的存在也就失去了其应有的意义。

《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；
不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。