申请民间借款合同无效,应当向人民法院提起诉讼要求认定合同无效。合同双方当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。如果合同没有约定诉讼管辖地，可以到被告住所地或合同履行地法法院起诉。
合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地；合同没有约定或者约定不明确的，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地。所以，在申请认定合同无效的时候，如果有合作中约定了管辖地，就向双方约定管辖的法院提起诉讼。如果双方没有约定管辖的话，一般应向被告住所地法院或合同履行地法院提起诉讼。

《民事诉讼法》第二十一条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。