不可以作废。但在补充合同中可以约定当补充合同生效时，原合同的部分内容无效、作废；
或者是因为原合同履行时当事人存在违约行为，导致原合同的部分内容无效，那么在补充协议中，双方当事人要协商一致撰写清楚违约行为导致内容无效的部分。

《民法典》第五百五十七条
有下列情形之一的，债权债务终止：
（一）债务已经履行；
（二）债务相互抵销；
（三）债务人依法将标的物提存；
（四）债权人免除债务；
（五）债权债务同归于一人；
（六）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。
合同解除的，该合同的权利义务关系终止。