合同被对方没收，只要该合同经过双方当事人真实的意思表示，且合同内容没有违反法律规定的，不论是双方持有还是单方持有，都不会必然影响合同的效力，所以一般是有效的。但是需要保留好其他可以证明合同关系存在的证据材料，以规避日后因合同纠纷导致的举证困难的法律风险。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。