赔偿协议效力认定应以当事人对合同无效的过错为基础。
合同无效或者被撤销后，法律规定有过错一方应赔偿另一方损失，双方均有过错的，各自承担相应责任。
当事人按照该条规定协商赔偿事宜，法律不应当禁止。
所以，无效合同和赔偿协议相对独立，不应简单地以赔偿协议是在无效合同基础上达成的而认定为无效。
但合同无效总是由于当事人的意思表示具有重大瑕疵，故其在赔偿协议中的意思表示应当受到限制，需要根据当事人对合同无效的过错程度判断其责任，进而认定赔偿协议的效力。

《民法典》第一百五十六条
民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。