若某人独自拥有一家公司的所有权，且该公司的股东向他人进行借款时，是否能够选择起诉该公司以获得合法权益，这需要根据具体情形进行细致分析。
假设在股东借款的过程中，双方之间建立了合法的借贷关系，并签署了明确的借款协议或借据等相关法律文件，同时，该公司未能按照约定履行还款义务，那么在此种情况下，股东有权选择对公司提起诉讼。
然而，倘若借款行为涉及到违法或者违反公司章程等问题，则可能会对最终的诉讼结果产生不利影响。

《中华人民共和国民法典》第六百六十七条
借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。