公司转让中的债权债务纠纷，按转让协议进行处理。一般情况下，转让协议只在出让人和受让人之间有效。如公司转让已经通过公司债务人的，对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的，对公司债权人有效。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第七十九条

【债权的转让】债权人可以将合同的权利全部或者部分转让给第三人，但有下列情形之一的除外：

(一)根据合同性质不得转让;

(二)按照当事人约定不得转让;

(三)依照法律规定不得转让。