若借款协议在法律角度被判定为无效合同，应依据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条之规定来进行处理。
在此种情形下，行为人因该行为而获取的任何财产均需归还给相关方。
若无法实现返还或认为无须返还时，则应以货币形式进行折价补偿。
若其中一方存在过失，应对其给另一方造成的损失负责赔偿。
如是双方皆有过失行为者，他们应分别承担相应比例的责任。
据此，在借款协议无效的情况下，应对此依照上述条款进行妥善处理。

《中华人民共和国民法典》第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；
不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；
各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。