当纠纷涉及到一个母亲有外遇时所引发的子女抚养权的司法裁决问题上，法院针对此类案件的处理，往往需要从多维度审慎考虑众多重要的决定因素，并且始终秉持着关注和保障儿童权益最大化为准则来做出最终的裁决。
具体来说，如果子女尚且年幼，那么法院在做出裁决时可能会更加倾向于将子女的抚养权交由能够为他们提供更为稳定和可靠的生活照料环境的那一方父母。
然而，如果子女已经具备了一定程度的自我认知和独立思考能力，那么他们的个人意愿同样会成为法院在做出裁决时必须要考虑的重要因素之一。
尽管在这种情况下，出轨的一方在法律诉讼中可能会面临相对较为不利的境地，但是这并不意味着这个因素就可以作为决定性的决定因素。
实际上，法院在做出裁决时，仍然需要根据双方父母的抚养能力、抚养条件以及子女的实际状况等多个方面进行全面的考量和评估。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。