在哺乳期内进行离婚手续申请时，子女的监护权归属取决于双方法律协议的决定。
然而，若是通过司法部门做出裁决的情况下，通常子女的监护权将被授予母亲。
由于正处于哺乳期的婴儿往往不足两岁，依据现行法规，对尚未满两周岁的儿童的监护权通常会委托给其母亲。
然而，若配偶中女方出现以下特殊情形，那么子女的监护权可能会赋予男方:
（1）长时间患有难以治愈的传染病或其他严重的健康问题，导致孩子与之一起生活有所不便;
（2）尽管具备抚养条件但未能尽到抚养义务，且父亲方提出要求子女须与其共同生活;
（3）因其他客观原因，使得孩子明显无法与母亲一同生活。

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。