当涉及到军婚中的子女抚养权问题时，其确定过程与在普通离婚诉讼中确认子女抚养权的规定基本相同。
对于不满两周岁的子女，法律通常将抚养权赋予母亲。
然而，若母方存在以下任一情形，那么父亲则有权要求变更抚养关系：
（1）患有长期难以治愈且对子女健康产生重大危害的传染病或其他严重疾病；
（2）虽然具备抚养条件但未尽到抚养义务；
（3）由于其他特殊原因，子女确实无法继续跟随母方生活。
此外，如果父母双方能够达成共识，同意两周以下的子女跟随父方生活，并且这种决定不会对子女的健康成长造成任何不良影响，那么法院可以予以批准。
对于年满两周岁以上的未成年子女，无论是父方还是母方都有权要求子女跟随自己生活。
但是，如果其中一方存在以下任一情况，那么法院会优先考虑将抚养权判给该方：
（1）已经进行了绝育手术或者因为其他原因失去了生育能力；
（2）子女已经跟随其生活较长时间，改变生活环境可能会对子女的健康成长产生显著不利影响；
（3）没有其他子女，而另一方却有其他子女；
（4）子女跟随其生活有利于子女的成长，而另一方患有长期难以治愈且对子女健康产生重大危害的传染病或其他严重疾病，或者存在其他不利于子女身心健康的情况，不适宜与子女共同生活。

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。
离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。