在赴女方所在地办理结婚证书时，这对于未来在男方境内生育的新生子女注册户籍并无任何不利影响。
根据相关法律法规，夫妻双方只要成功领取婚姻证件，即可向任何一方的户籍所在地民政机构正式提出申请进行办理。
而为了使新生儿获得合法的户籍身份，按照现行规定仅需凭借其出生医院开具的医学证明，便可在该婴儿长期居住之地区申请办理。

《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条
要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。
符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。
完成结婚登记，即确立婚姻关系。
未办理结婚登记的，应当补办登记。