首先，需要明确该笔50万元款项的性质与属性，若为符合法律规定的财产分割诉求，则需依据夫妻共同财产的实际状况进行公平公正的评估与判定。
如若其本质上属于其他形式的补偿或赔偿主张，那么便需要探究相关的法律依据，例如：
是否因男方存在过错而引发婚姻破裂等因素。
在这种情况下，倘若夫妻双方能够就此问题协商达成共识，并制定出相应的解决方案，即关于这50万元的协议条款，便可依照协议离婚的程序申请与办理离婚证书。
然而，若双方未能就此事达成一致意见，可能不得不采取诉讼离婚的途径，由法院依据事实情况作出公正的裁决。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。