在法律层面上，男女双方的分居时间长短并不是决定他们是否能够进行协议离婚的唯一要素。
在协议离婚方面，更重要的是涉及夫妻双方的自愿性以及他们对子女抚养权、财产分配、债务负担等核心议题是否能达到共同认可，从而通过书面形式形成离婚协议并亲自前往婚姻登记机关办理申请手续。
然而，当夫妇间感情破裂导致分居超过两年且经过调解无效的情况下，法院有权批准离婚。
但是，这种情况属于诉讼离婚范畴。
总的来说，协议离婚并不仅仅依赖于分居时间的长短，而是取决于夫妻双方能否就相关事宜达成共识。
如果无法达成共识，那么任何一方都可以向法院提出离婚诉讼；
如果符合分居满两年等法定条件，法院有可能会做出离婚判决。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。