对于已经历经长达两年之久的双方分别居住生活，能否选择在异地办理离婚手续，这需要根据实际情况进行判断和分析。
若采用诉讼方式解除婚姻关系，通常会遵循“原告就被告”的原则，将案件交由被告住所地归属的人民法院审理；
然而，倘若被告住所地与其经常居住地并不一致的话，则将该案提交至被告的经常居住地所属的人民法院处理。
若在此期间，夫妻双方均已离开彼此共同的住所地超过了一年时间，那么当原告提出离婚诉求时，应由被告目前居住地所属的人民法院负责审理此案。
然而，若选择以协议离婚的方式结束婚姻关系，则必须回到其中一方的户籍所在地办理相关手续。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十二条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。