如夫妻双方已经因感情不合达到分居超过两年期限，需采用以下方式办理离婚事项：
首先，在无争议情况下，双方可共同提出婚姻登记申请。
但若对于离婚事宜、子女监护权分配以及财产分割方面存在争议，则须通过司法途径解决。
在进入司法程序后，法院将主导整个过程进行调解，若调解未果或证实感情确实破裂，则判决准许离婚。
值得一提的是，因感情不和导致的分居长达两年的时间，已被视为法律规定的感情破裂之一。

《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。