关于双方通过协议方式办理离婚的操作流程如下：首先，当事人应当签署一份详尽的离婚协议;
其次，在办理离婚过户时，当事人需携带有效的身份证明文件（如身份证）、户口簿、结婚证书以及已经拟定好的离婚协议前往具有管辖权限的婚姻登记机构提出离婚申请;
最后，在离婚协议中，应当明确列出与子女抚养问题、财产分配以及债务处理意见等相关事宜的协商结果。

《婚姻登记条例》第十一条
办理离婚登记的内地居民应当出具下列证件和证明材料：
（一）本人的户口簿、身份证；
（二）本人的结婚证；
（三）双方当事人共同签署的离婚协议书。
办理离婚登记的香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨、外国人除应当出具前款第（二）项、第（三）项规定的证件、证明材料外；
香港居民、澳门居民、台湾居民还应当出具本人的有效通行证、身份证，华侨、外国人还应当出具本人的有效护照或者其他有效国际旅行证件。
离婚协议书应当载明双方当事人自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。