在分居长达三年的情况下，选择离婚时，当事人可根据实际情况，选择通过协商达成协议或者诉诸法律进行解决。
其中具体的操作步骤如下所示：
首先，倘若夫妻双方均有意愿办理离婚手续，那么应以书面形式达成协议并亲自前往婚姻登记机关提交申请；
其次，若双方对于离婚事宜未能达成一致，这时他们可以寻求法律援助，对簿公堂，向法院提起诉讼来解决中止婚姻关系的问题。
值得注意的是，因感情不和导致的分居期限达到或超过了三年，这完全满足了法院判决离婚的条件之一。
然而，采取分居制作为离婚的方式，须符合以下几个规定条件：
(1)分居应体现在夫妻之间互不尽夫妻之责，而非仅由一方拒绝承担家庭义务；
(2)分居的原因必须是由于感情破裂无法调和；以及(3)尽管因感情破裂导致分居已达两年之久，但经过调解双方仍无法达成和解的情况下方能准予离婚。只有在上述条件全部满足之后，方可考虑通过正式途径解除婚姻关系。

《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。