赔偿协议是一份协议，自协议约定的生效条件生效后，即对双方产生约束力，没有所谓时效问题。
只是对于对方不履行协议的，向人民法院请求保护权利的有诉讼时效。
赔偿协议起诉的有效期为三年。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
赔偿协议的起诉流程：
1、原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；
2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；
3、法院将原告的起诉书副本送达被告；
4、被告作出书面答辩；
5、开庭审理；
6、法院做出判决。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。