如果有两个孩子，要离婚时，抚养权的判决：
两周岁以下的孩子，法院会判决由女方直接抚养。
两周岁以上的由法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
如果一方有明显不利于孩子成长的情形，则不会给予其孩子的抚养权，将两个孩子都归另一方抚养。

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。
离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》第五十七条
父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。