关于购房者购买的房产面积低于买卖协议中的规定面积时应如何处理的问题，我们有以下几点建议：首先，如果实际测量面积与协议中标明的面积相差幅度在3%以内（包括3%这一范围），那么就应该基于双方同意并签订的协议，按照协议中约定的房价来支付和结算实际面积所对应的款项。其次，如果实际测量面积与协议中标明的面积相差幅度超过了3%，那么购房者有权选择终止该项交易，要求退还已支付的所有费用以及相应的利息。此外，购房者还可以选择继续执行该项交易，但具体的费用需要根据实际测量面积与协议中标明的面积之间的差额进行计算。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在３％以内（含３％）的，据实结算房价款；（二）面积误差比绝对值超出３％时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起３０日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在３％以内（含３％）部分的房价款由买受人补足；超出３％部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在３％以内（含３％）部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出３％部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。