1.标的物性质差异：商品房预售合同所涉及的标的物是仍处于建造过程中的房屋，因其尚不完备和未可知，故具有较大的不确定性；而商品房买卖合同则针对的是已经完成或者部分完成的房屋，以及与其配套的公共设施、设备的所有权或使用权。
2.合同履行周期各异：在商品房预售交易中，从签订预售合同至房屋竣工往往需要经历较长的时间跨度。在此期间，可能会出现各种因素，如施工进度、原材料供应等各个环节，这些都可能对房屋的最终竣工产生影响，从而给预购方带来一定程度的风险。相比之下，商品房买卖合同通常在合同成立之后，出卖方即需承担起交付买卖标的物并转移所有权的责任。
3.支付方式有所区别：商品房预售合同是指商品房预售方与预购方之间达成的一种书面协议，其中规定预售方应在约定的期限内将建成的商品房所有权移交给预购方，预购方则向预售方支付定金或部分购房款项，同时按照约定的日期接收商品房。而商品房买卖合同则是指出卖方将正在建设或已经建成的商品房所有权及其相关权益转让给买方，买方则需支付相应的价款。这是商品房交易中至关重要的法律文件，也是明确开发商与消费者权利义务关系的主要依据。

《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第一条本解释所称的商品房买卖合同，是指房地产开发企业（以下统称为出卖人）将尚未建成或者已竣工的房屋向社会销售并转移房屋所有权于买受人，买受人支付价款的合同。第二条出卖人未取得商品房预售许可证明，与买受人订立的商品房预售合同，应当认定无效，但是在起诉前取得商品房预售许可证明的，可以认定有效。