在处理商标合同纠纷时，通常情况下，双方当事人可自由选择进行协商并达成和解。然而，如果当事人未能就该纠纷达成共识，他们可以共同商议申请第三方介入进行调解。此外，如果纠纷发生前曾有过仲裁协议的约定，则可按照协议规定进行仲裁程序。倘若以上途径均未能妥善解决问题，当事人还可以选择向具有管辖权的法院提起诉讼。

《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。