在存在争议的房屋上，无法进行不动产登记证书的申请。由于出卖方所交付的房屋可能承载着多重权力关系，例如银行的抵押权、前置购买人的债券、工程承包商的优先受偿权乃至司法机关及行政机关已经依法实施查封措施或是采用其他方式明确限制了房屋权益。在此种情况下，购买人所接收到的房屋权益将处于动荡不定的局面，根本无法完成新版的产权证书办理手续。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十八条下列房地产，不得转让：以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的；依法收回土地使用权的；共有房地产，未经其他共有人书面同意的；权属有争议的；未依法登记领取权属证书的；法律、行政法规规定禁止转让的其他情形。