关于房屋纠纷在超过诉讼时效期限后的处置方式主要包括：作为案件当事人可以提出不履行相应义务的抗辩主张，由法院对该抗辩主张进行审查，并判断其是否具备诉讼时效期限中断、诉讼时效期间中止以及诉讼时效期延长等法定事由；
同时，对于涉及到不动产物权及登记返还财产这两种情况的诉讼，则法律法规赋予这些权益以特殊保护，因此并不受到诉讼时效期限的限制。

《民法典》第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
《民法典》第一百九十六条
下列请求权不适用诉讼时效的规定：
（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。