在实际操作中，当所签署的工程备案合同与实际施工过程中的合同存在不一致情况时，通常采取以下两种方式解决此类问题：首先，当工程备案合同与实际施工合同之间出现差异，我们应以经过备案的合同为准，以便于后续进行结算工作。其次，如果当事人就同一建设工程，通过另行签订的建设工程施工合同与已经备案的中标合同在实质性内容上存在不一致之处，那么我们应该将已备案的中标合同视为结算工程价款的依据。然而，对于那些并非必须经过招投标程序的工程项目而言，这一规定并不适用。

《中华人民共和国民法典》第一百四十四条
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
《中华人民共和国民法典》第一百四十六条
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。