租赁双方倘若在此情形下签订了租赁协议，对于未得到审批或未遵循获批内容建设的非法建筑，该租赁协议将被判定为无效。依据法律规定，涉案房屋应交还给出租方，同时，出租方还需根据实际情况，向承租方支付适当的补偿金。然而，是否影响到租赁协议其他部分的有效性，则需要考虑具体的案情来判断。在此类纠纷的处理过程中，首要任务是明确违法建筑的定义及其适用范围，以及租赁协议的有效性问题。对于被判定为无效的租赁协议，应立即采取相应的补救措施，以防止损失进一步扩大。同时，对于已实际履行的部分，也应根据具体情况进行合理处置，以确保各方当事人的合法权益得以维护。

《民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。《民法典》第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。