房屋他项权证补办流程如下：房屋产权人应持本人有效身份证件到房屋档案馆填写补证申请及保证书，复印档案中的房屋图纸文件，档案馆开具“房屋权属查询证明”，在报纸上刊登他项权利证遗失声明，到交易主管部门领取重新补发的他项权利证。

《不动产登记暂行条例》第二十七条
权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理事项有关的不动产登记资料。
《城市房地产抵押管理办法》第三十四条
以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。