办理农村自建房房产证首先是要向村委提出建房的申请，然后经过村委会的审核，再到乡建办那边去申请实地勘察，提交领取房屋建设申请表，经过乡建办审核通过之后符合条件的才可以建房并且领证。
办理程序：
1、建房户向村委会提出建房申请；
2、村委会审核同意，签字盖章；
3、向乡建办提出申请；
4、乡建办工作人员实地勘察，同意建房；
5、到乡建办领取房屋建设申请表；
6、经乡建办签字同意；
7、乡主管领导签字盖章，核实同意；
8、交县规划建设局审批(县行政服务中心)；
9、建房户领取产权证。

《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条
在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。
在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地;确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。