南京公积金单位开户的办理流程如下：
1、单位填写《南京住房公积金开户申请表》（公积金中心网站下载）并加盖单位公章后，连同要件资料的原件到缴存银行服务网点申请办理。
2、企业在市场监管部门登记时住房公积金缴存登记同步完成，通过统一社会信用代码登录网上办事大厅补充信息后完成账户设立手续。

《住房公积金管理条例》第十三条
住房公积金管理中心应当在受委托银行设立住房公积金专户。
单位应当向住房公积金管理中心办理住房公积金缴存登记，并为本单位职工办理住房公积金账户设立手续。
每个职工只能有一个住房公积金账户。
住房公积金管理中心应当建立职工住房公积金明细账，记载职工个人住房公积金的缴存、提取等情况。