针对商铺纠纷的妥善处理及相应部门的选择问题，的确需要根据实际状况进行判断和抉择。
若是争议焦点在于违反了相关合同条款等事项，首先可以考虑与对方进行友好协商以寻求解决之道；
倘若未能达成共识，亦可向所在地的工商行政管理局提出申诉。
然而，若纠纷主要围绕着租金、押金等经济利益展开，那么向消费者协会进行反馈或许更为适宜。
至于商铺产权归属问题引发的纷争，可能需要向房地产登记部门进行咨询或寻求协助。
若以上途径均无法有效解决纠纷，或者涉及的金额巨大且法律关系错综复杂，建议您向人民法院提起诉讼，借助司法程序来化解矛盾。
在此过程中，务必注意在采取任何行动前，务必妥善收集并保管好相关证据，例如合同文本、支付凭证以及沟通过程中的记录等等，以便于更好地捍卫自己的合法权益。