一般情况是有效的，因为工商变更登记的规定在法律上并非是合同效力性的规定，它只是管理性规定，没有登记不会影响到它的效力。
但是如果说协议本身写有以工商变更登记作为合同生效条件的话，没有登记则合同没有生效。

《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》第二条
企业接收股东划入资产，凡作为资本金处理的，说明该事项属于企业正常接受股东股权投资行为，因此，不能作为收入进行所得税处理。企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，说明该事项不属于企业正常接受股东股权投资行为，而是接受捐赠行为，因此，应计入收入总额计算缴纳企业所得税。