合作社不经营的，无论多久都不会自动注销的。
无论什么企业，营业执照上注明的经营期限到期后都不会自动注销，企业注销只能按照现行相关政策完成。
合作社的注销流程如下：
1、领取营业执照后未开展经营活动、从未获得各级财政奖补项目且至始至终未发生债权债务，或是申请注销登记前已将债权债务清算完结的农专社可选择简易注销登记。
2、农民专业合作社联合社、农民资金互助社不纳入简易注销范围。
3、有分支机构的农民专业合作社申请注销登记，应当一并提交分支机构注销登记申请文件或分支机构的注销登记证明。
4、提交材料齐全的，并且符合法定形式的。申请人按照要求提交全部材料并且申请材料的，予以受理。然后审查，依法对申请人提交的申请材料进行审查，提出审查意见。如果是不属于许可范畴或不属于本机关职权范围内的，不予受理。出具《不予受理通知书》，并且要说明理由。
5、各市场监管所要对连续两个年度未年报农民专业合作社进行认真梳理，摸清底数。要通过发布通知公告、到登记的住所或经营场所现场检查等方式，逐一核实情况，依法开展清理工作。
同时，将连续两年未年报农民专业合作社信息推送税务部门，由税务部门帮助核查。

《中华人民共和国农民专业合作社法》第四十九条，清算组自成立之日起接管农民专业合作社，负责处理与清算有关未了结业务，清理财产和债权、债务，分配清偿债务后的剩余财产，代表农民专业合作社参与诉讼、仲裁或者其他法律程序，并在清算结束时办理注销登记。