一般纳税人在企业注销时的存货处理方法：
一般纳税人企业申请注销税务登记时，如果企业销项税金大于进项税金，并且按注销企业的有关政策规定交纳增值税后，企业还有存货余额的，其存货余额部分应按存货的适用税率计算补交已抵扣的税款，因为存货在当初购进时其进项税金已作了抵扣，减少了当期应交税费，既然现存货已经退出了企业的经营活动，所以要对先期已抵扣的进项税进行调整。
法律依据
《公司法》
第一百八十八条
公司注销
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。