独立核算分公司注销如下：
(1)首先持分公司营业执照副本，到工商登记窗口进行注销登记的相关事项咨询，领取《分公司注销登记申请书》、《指定代表或者共同委托代理人的证明》。
(2)准备注销登记的相关材料。
因为分公司不具备法人资格，注销登记材料应由所属公司做出决定并签署准备出具相关材料。
材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。
(3)材料准备完成后，向工商登记机关提交，在提交材料齐全、合法、有效的前提下，注销登记2个工作日内完成。
(4)注销登记不收取任何费用。
(5)分公司注销登记经工商登记机关核准后，公司应持《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。
同时，也要到技术监督局注销企业代码证。

《会计档案管理办法》第二十条
单位因撤销、解散、破产或其他原因而终止的，在终止或办理注销登记手续之前形成的会计档案，按照国家档案管理的有关规定处置。