在一人有限公司申请税务登记证书时，该性质实际上处于个人独资企业范围内。针对个人独资企业缴纳的个人所得税，根据相关法律法规中个人所得税法以及其施行细则的具体要求进行申报并依法履行缴纳义务。
其中，流转税主要指的是增值税这一部分，同时还需对城建税、教育费附加、车船税、房产税以及土地使用税等其它税费进行合理缴纳。
至于国家税务局负责征收的增值税部分，若为小规模纳税人，则需按照应税销售额依照法定比率3%进行计征缴纳。计算应税销售额的公式如下：
含税销售额÷(1+3%)。而对于地方税务局征收的城建税与教育费附加部分，则需根据增值税金额按照城建税税率1%以及教育费费率3%分别进行精确计算后缴纳。在个人所得税方面，需将该收入减去成本费用、税金（不包括增值税在内）以及损失之后的剩余额度作为应纳税所得额，再依据5%-45%的超额累计税率计算得出最终应缴税额。尽管“一人有限责任公司”确实需要缴纳企业所得税和个人所得税两种税费，但是，此类情况并未出现重复征税现象。因为“一人有限责任公司”具有的企业法人性质，根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》规定，应当依法缴纳企业所得税。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条
股东应缴纳个人所得税。
“一人有限责任公司”同时缴纳企业所得税和个人所得税是有区别的。首先是征税对象不相同：
企业所得税的征税对象是企业所得；
个人所得税的征税对象是个人所得。其次是纳税主体不相同：
企业所得税的纳税主体是企业；
个人所得税的纳税主体是股东个人。因此并不存在重复征税问题。
从所得税角度分析，一人有限责任公司除了按照３３％（税率分三档０－３万元是１８％，３－１０万元２７％，１０万元以上是３３％）的法定税率缴纳企业所得税外，对实现的税后利润全部分配给股东部分，还要缴纳２０％的个人所得税。