公司在被稽查时，要主动积极配合，如实交代问题。在稽查人员了解公司情况并且有证据时，要争取坦白从宽。税务稽查由稽查局依法实施。稽查局主要职责是依法对纳税人、扣缴义务人和其他涉税当事人履行纳税义务、扣缴义务情况及涉税事项进行检查处理，以及围绕检查处理开展的其他相关工作。

《税务稽查案件办理程序规定》第三条?
办理税务稽查案件应当以事实为根据，以法律为准绳，坚持公平、公正、公开、效率的原则。
第四条?
税务稽查由稽查局依法实施。稽查局主要职责是依法对纳税人、扣缴义务人和其他涉税当事人履行纳税义务、扣缴义务情况及涉税事项进行检查处理，以及围绕检查处理开展的其他相关工作。稽查局具体职责由国家税务总局依照税收征管法、税收征管法实施细则和国家有关规定确定。
第五条?
稽查局办理税务稽查案件时，实行选案、检查、审理、执行分工制约原则。