可以起诉。

可以起诉公司，如果是和公司发生纠纷就起诉公司，如果是和老板发生纠纷起诉老板。
公司的法人代表不是老板(所有权人)也属正常，法人代表代行法人或老板的资产承担民事责任与履行民事权利。
法人是在法律上人格化了的、依法具有民事权利能力和民事行为能力并独立享有民事权利、承担民事义务的社会组织。
法人代表是依据法人内部的规定，担任某一职务或由或由法定代表人指派代表法人对外依法行使民事权利和义务的人。
其行为被视为法人的行为，其行为所产生的一切法律权利和义务由其所代表的法人享有和承担。

《公司法》第152条
董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。