通常来讲，在进行痕迹鉴定时，其费用一般是由提出鉴定申请的那一方预先垫付的。
在诸如诉讼这类司法程序里，如果最终能够明确责任方是某一方，那么该方就需要承担起鉴定费用；然而，要是责任方难以确切地确定下来，通常情况下就由双方进行协商来共同分担这笔费用。
要是双方协商不成的话，就由法院依据具体的实际情况来作出判定。
倘若经过一系列的调查和判定，最终认定责任是在对方那里，那么对方就应该承担起这笔鉴定费用。
但要是责任难以进行认定，法院就会根据该交通事故案件的具体情况，来决定是让双方各自承担一部分鉴定费用，还是让其中一方承担全部的鉴定费用。

案情回顾:

小朱和小李发生交通事故，小朱申请对车辆痕迹进行鉴定并预先垫付费用。后续调查中，对于事故责任认定存在争议，双方各执一词，难以确定责任方，于是在鉴定费用的承担问题上产生分歧。

案情分析:

1、按照规定，小朱作为申请鉴定方预先垫付费用是合理的。若最终能明确责任在一方，如经调查确认小李是责任方，那么小李应承担鉴定费用。
2、在责任难以确定的情况下，双方应先协商共同分担费用。若协商不成，法院会根据此交通事故的具体实际情况，判定双方各自承担一部分或一方承担全部鉴定费用。