可以协商补签合同，无法协商的可以起诉并提交相关证据到法院处理。
如果双方均承认合同的存在，并且按照合同的约定履行，合同丢了，没有什么影响。
如果对方不按照合同的约定履行，需要寻找其他证据，证明合同的存在及合同约定的内容。
可通过其他证据如合同复印件、汇款记录、邮件往来、传真、qq记录、微信往来、电话录音等证据综合证实该合同的存在性。
从证据角度来说，扫描件是图片，作为复印件的形式存在，从技术上可以被篡改，因此单单扫描件的证明效力是很低的，除非对方对扫描件认可，否则需要提供其它相关证据进行佐证，形成证据链条，扫描件才能作为定案证据，从而具有较高证明效力。
扫描件相当于复印件，仅凭此去打官司是很难得到法院支持。
原件也可能被篡改，但可以被鉴定出来，如原件真实，可以作为认定事实的证据，而扫描件即使鉴定真实，仍不能直接作为证据认定，这就是两者区别。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。