涉及工程款项违约金方面的纠纷处理，通常需依照以下顺序进行：
首当其冲，必须明确在双方所签署的工程合约中针对违约金的详细规定。
这个具体约定无疑是鉴定责任归属及赔偿金数额的关键性基准。
如若合约对此有清晰详尽的表述，违约方理应对照事先约定承担相应的违约金。
然而，若在合约中所设定的违约金过高或者过低，当事人可以请求司法机构（如法院）或仲裁部门进行适当的调整。
调整的基本原则是以实际损失为依据，同时兼顾合同执行状况、当事人的过失行为程度以及预期利益等多重复杂因素。
在处理冲突的过程中，应十分重视并妥善保管所有与之相关的证据材料，例如工程进展情况的详细记录、支付款项的收据凭证、各种用来交流沟通的信函文件等等，以此来准确证明违约行为的确立及其造成的损失程度。
倘若双方能够通过友好协商达成共识，便可以起草一份妥善的和解协议书。
倘若协商无果，那么就有必要向具备管辖权的法院提出申诉或者向仲裁部门提交仲裁申请来解决争端。