员工违反竞业限制协议，并无明确规定违约金的计算。
双方有约定的从约定，没有约定的根据原公司的损失、公平原则来确定违约金。通常情况下，可以参考如下方式计算以商业秘密被侵害遭受的实际损失作为赔偿额如商业秘密被泄露后客户的丢失，导致应当签订的合同没有履行，为此造成损失的赔偿额。以违约人违反约定所获得的全部收益作为赔偿额比如原先约定好的合作方，被违反竞业限制约定的员工挖走，因此给原公司带来的利益损失。

《中华人民共和国劳动合同法》
第二十三条
负有保密义务的劳动者在终止或解除劳动合同后的一定期限内不得在生产同类产品、经营同类业务或有其他竞争关系的用人单位任职，也不得自己生产与原单位有竞争关系的同类产品或经营同类业务。如果劳动者违反了该义务，就要依照约定承担违约金责任。