关于单位签署合同等文件时仅盖章是否有效的问题，具体情况如下：
1.符合法定形式要求时有效：一般来说，单位签署相关文件，仅盖章在符合法定形式要求时是有效的。
依据《民法典》规定，当事人采用合同书形式订立合同，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
例如，在一些常规的商业合作合同中，如果合同没有特别约定，仅盖章也能使合同成立。
2.存在一定风险的情况：在实践中，若合同明确约定签字并盖章后生效，那么仅有盖章可能存在风险。
比如，对方可能会以未签字为由主张合同未生效。
3.特殊情况下合同成立：若法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式，但一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
总之，单位签署仅盖章是否有效，需结合具体合同约定及法律规定判断。
如有疑问，可咨询专业律师。

案情回顾:

小朱代表其单位与小李的单位签订商业合作合同，小朱所在单位仅盖章未签字。之后，小李单位以合同约定需签字并盖章生效为由，主张合同未生效，拒绝履行合同义务，双方就此产生争议。

案情分析:

1、若该合同没有特别约定生效条件，依据《民法典》，当事人采用合同书形式订立合同，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立，所以仅盖章符合法定形式要求时，合同有效。
2、若合同明确约定需签字并盖章生效，仅有盖章则可能存在风险，对方有权以未签字为由主张合同未生效。
3、若一方已履行主要义务，对方接受时，即便未签字，该合同也成立。