我们应当以生效判决作为依据，具体原因阐述如下：
一、法律效力层面
协议是双方当事人基于自愿原则所达成的一种合意，本质上是一种合同，对参与协议的双方有着合同层面的约束力。
比如在商业合作中，双方签订的合作协议，明确了各自的权利和义务，双方需要按照协议约定行事。
然而，判决则是人民法院依据法律规定，经过严谨的司法程序作出的具有强制执行力的法律文书。
代表着国家司法机关对案件事实的查明以及对法律适用的最终认定。
这种认定是具有权威性和终局性的，其法律效力明显高于协议。
就好比在涉及合同纠纷的案件中，法院的判决是对双方权利义务的最终裁决。
二、内容冲突时的处理原则
当协议内容与生效判决内容不一致时，依据司法最终原则，应当以判决为准。
一旦判决生效，双方当事人就必须严格按照判决的内容去履行各自的义务。
例如在债务纠纷中，若协议约定的还款方式与判决确定的还款方式不同，那么就应以判决确定的方式为准，协议中与之冲突的条款便不再具有履行的效力。
三、特殊情况的考量
若判决仅针对部分争议事项作出裁决，而协议中那些未被判决涉及的其他条款仍然是合法有效的，那么在不与判决冲突的前提下，这些协议条款可以继续履行。
比如在合同纠纷中，法院仅对合同价款争议作出判决，而对于合同中关于售后服务的条款未涉及，且该条款合法有效，那么这部分条款可继续履行。

案情回顾:

小朱与小李签订合作协议，后因合同纠纷诉至法院。法院作出判决后，双方对应以协议还是判决作为履行依据产生争议，尤其是在还款方式等方面存在分歧，且协议部分条款未被判决涉及。

案情分析:

1、从法律效力层面看，协议是双方合意，有合同约束力，但判决是法院经司法程序作出的有强制执行力文书，权威性和终局性强，法律效力高于协议。
2、内容冲突时，依司法最终原则，应以判决为准，如债务纠纷中还款方式按判决确定的执行，冲突协议条款失效。
3、若判决仅针对部分争议裁决，未涉及且合法有效的协议条款，在不与判决冲突下可继续履行，如合同中售后服务条款。