合同由三人共同签订，然而实际却只有两份书面合同。
从法律层面来看，这种情况通常是有效的。
按照法律规定，人们订立合同，有多种形式可供选择，像书面形式、口头形式以及其他形式等。
其中，书面形式是较为常见的一种合同形式，两份书面合同完全能够证明合同的存在以及各方所应承担的权利和义务。
不过，如果在合同当中明确规定必须要有三份及以上的书面合同，又或者根据日常的交易习惯需要三份及以上书面合同，那仅有的两份书面合同就可能会出现一些问题，并非绝对有效。
但这也并不意味着合同就一定无效，我们还可以通过其他的证据来进一步佐证合同的真实性和有效性。
所以说，不能仅仅凭借合同的份数就轻易地去判断它的效力，必须要综合考虑合同的具体约定以及相关的法律规定等多方面因素。
只有这样，才能准确地对合同的效力作出合理的判断，避免因合同份数等问题而引发不必要的纠纷和麻烦。