关于还款协议超过三年是否有效，具体情况需具体分析：
1.约定履行期限的情况：
若还款协议明确约定了履行期限，那么诉讼时效期间会从这个履行期限届满之日开始计算。
当三年的诉讼时效期间届满后，权利人在法律层面会丧失胜诉权。
不过，需要明确的是，此时债权债务关系依然是存在的。
也就是说，即便过了诉讼时效，如果债务人自愿履行还款义务，这种履行行为是有效的，不受诉讼时效的限制。
2.未约定履行期限的情况：
当还款协议没有约定履行期限时，诉讼时效期间要从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算。
这里的前提是债权人要给予债务人一定的宽限期，在这个宽限期届满后的三年内，还款协议是有效的。
总之，不能一概而论地认定还款协议超过三年就无效，而是要依据具体的协议内容以及相关法律规定来作出准确判断。

案情回顾:

小朱与小李签订还款协议，小朱借小李一笔钱。协议有两份，一份约定一年后还款，到期后小朱未还，三年后小李起诉小朱要求还钱；另一份未约定还款期限，三年后小李要求小朱一个月内还钱，小朱拒绝，小李起诉。争议点在于两份还款协议超过三年是否有效。

案情分析:

1、对于约定一年还款期限的协议，诉讼时效从履行期限届满之日起算，三年届满后小李丧失胜诉权，但债权债务关系仍存在，若小朱自愿还款则有效。
2、对于未约定履行期限的协议，小李要求小朱一个月内还钱，此一个月宽限期届满后才开始计算诉讼时效，此时未超三年，协议有效。