若欠款协议约定的还款日期已到，而欠款人却未将款项全部还清，可参考以下措施来维护自身权益：
1.发送催款函：严格按照协议约定，向欠款人发送催款函。
在催款函中，清晰、明确地告知欠款人其还款已逾期，以及按照协议需承担的违约责任等相关内容。
同时，务必妥善保留催款函的发送凭证，这是后续可能涉及纠纷解决的重要证据。
2.选择解决途径：若欠款协议中有仲裁或诉讼条款，可依照约定，选择对应的方式解决纠纷。
若协议中并未对此作出约定，那么可以向有管辖权的法院提起民事诉讼。
在提起诉讼时，需要提交起诉状以及能够支撑自身诉求的相关证据等材料。
3.关注诉讼时效：要特别注意诉讼时效问题，一般情况下为三年，是从约定还款期限届满之日开始计算的。
若超过了这个诉讼时效，就可能面临丧失胜诉权的风险。

案情回顾:

小朱与小李签订欠款协议，还款日期到后，小李未还清款项。小朱向小李发送催款函，小李仍未还清剩余欠款。小朱考虑通过仲裁或诉讼解决，却不确定协议有无相关约定，且担心超过诉讼时效影响权益维护。

案情分析:

1、小朱发送催款函符合维护权益的措施，保留发送凭证能在后续纠纷中作为关键证据，证明其曾催告小李还款。
2、若协议有仲裁或诉讼条款，应按约定选择解决途径；若无约定，向有管辖权法院提起民事诉讼是可行的，且需准备好相关材料。
3、小朱需关注诉讼时效，从约定还款期限届满起算三年，超过可能丧失胜诉权。